Su construcción comenzó tras la llegada de cristianos coptos que habían huído de la persecución musulmana en Egipto, y se cimentó en la voluntad del monarca Gebra Maskal Lalibela. El rey ansiaba hacer del lugar una nueva Jerusalén como respuesta a la caída de esta ciudad en manos sarracenas. Así, la topografía del conjunto reproduce la de Tierra Santa, lo que supone la división de las iglesias en dos grupos separados por el arroyo Yordanos, referencia al río Jordán. En el grupo Oeste se encuentra la iglesia de Bet Maryam, considerada la más antigua, junto con las de Bet Meskel, Bet Mikael, Bet Danaghel, Bet Gologotha, Bet Medhane Alem y Bet Giyorgis. En la zona Este se construyeron los templos de Bet Emmanuel, Bet Merkorios, Bet Abba Libanous, Bet Gabriel-Rufa’el. Una red de túneles horadados en la roca comunica los principales templos entre sí.