Samba が GPLv3 の採用を決定したことで、GPLv2 を配布に用いているプログラムのユーザーに大きな影響が出るかもしれない。GPLv3 の採用に関連した FAQ のコーナーでは、「GPLv2 またはそれ以降」という条件で配布しているプログラムであれば、GPLv3 で配布された Samba のプログラムと互換性があるとしている。しかしながら、「GPLv2 のみ」という配布条件の場合 (Linux カーネルや『MySQL』がこれに該当する)、「GPLv2のみ」という文面に制約されるため、他のライセンスとの併用が許されない。ゆえに、GPLv3 または『GNU 劣等一般公衆利用許諾契約書 version 3』(LGPLv3) の下で配布される Samba のプラグラムと互換性を持たないという。Samba の開発陣は、そのような場合にはライセンス条件を変更するようにと勧めている。
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