La industria de la minería ha empezado a utilizar también bacterias quimiolitotrofas para recuperar selenio, vanadio, manganeso, molibdeno y uranio, que están todos presentes en minerales de baja riqueza. Además la minería microbiana ofrece una posible solución a otro problema que amenaza a las modernas sociedades industrializadas: la contaminación del suelo y las aguas subterráneas por iones metálicos presentes en las aguas residuales. Las bacterias quimiolitotrofas que pueden captar y acumular iones metálicos tóxicos en sus células podrían resultar útiles en la eliminación de contaminantes metálicos de las aguas residuales.
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